深圳海關分一線海關和二線海關。一線海關指申報之後直接可以出境的海關。而二線海關指申報之後必須再通過一線海關再報關才能出口的海關。

一線海關當中又分為船運和路運海關，五個一線海關當中大鵬海關和蛇口海關為船運海關，文錦渡海關、皇崗海關、沙頭角海關為路運海關。

二線海關如筍崗海關、福田保稅區海關等。鹽田的怡和倉、文輝物流、馬士基物流等保稅倉直接向大鵬海關申報。湖北倉、梅園倉、603倉等海關監管倉庫向筍崗海關申報。

深圳海關下屬共有五個一線海關： 大鵬海關、蛇口海關、文錦渡海關、皇崗海關、沙頭角海關，其中蛇口海關又包括以下幾個碼頭；SCT （SHEKOU）、 赤灣（CHIWAN，赤灣碼頭在凱豐碼頭對面，現已合併為一家公司對外稱赤灣）、媽灣（MAWAN ）、招港（ZHAOGANG）、東角頭（進口碼頭）。其中中港拖車陸路口岸：文錦渡、皇崗、沙頭角、深圳灣.

海關是報關公司的主管單位,報關行依法按程序代理客戶向海關申報進出口貨物(很多工廠和外貿公司有自理報關權)。海關的其它基本職能還包括：監管、徵稅、統計、緝私。以大鵬海關為例，大鵬海關業務科包括：綜合業務科、碼頭監管科、轉關科、調查科、船管科、辦公室、人保科、行政財務科。